目前，我國民辦高校因多方原因，在黨建工作上仍存在不少問題，如民辦高校普遍實行的是董事會領導下的校長負責制，與公辦高校黨委領導下的校長負責制不同，黨組織不處于領導地位，無權決定學校的重大問題，難以實現“黨管干部”的原則，黨組織作用不明確。同時，民辦高校教師流動性較大，黨員隊伍不穩(wěn)定，黨員管理難度較大。而且上級黨組織對民辦高校黨組織建設的支持、指導和交流不夠，民辦高校中開展組織活動、參加學習、發(fā)展新黨員等方面與公辦高校仍有一定差距。還有黨組織機構設置不合理、缺乏必要的條件保障等問題。

面對諸多“內憂外患”，如何加強民辦高校黨的建設變得尤為重要且亟待解決。

從學校自身角度，首先，要提高認識，重視黨建工作。牢固樹立和自覺踐行政治意識、大局意識、核心意識、看齊意識。其次，充分發(fā)揮黨組織參與重大問題決策的作用。要發(fā)揮黨組織的政治核心作用，必須要在董事會領導下的校長負責制這一特殊組織框架內構建合適的參與途徑，如黨組織主要負責人進入學校董事會,直接參與學校的決策和管理等。再次，建立和完善黨建相關工作制度。盡快制訂加強黨建工作的相關規(guī)章制度，同時要強化制度落實，進一步規(guī)范民辦高校黨建工作。最后，加強黨員隊伍的教育和學習，提高黨員隊伍的能力素質。做好在高校教師和學生中發(fā)展黨員工作，使每個師生黨員都做到在黨愛黨、在黨言黨、在黨為黨。

從管理機關的角度，上級黨組織應給予民辦高校支持，對黨組織建設工作定期檢查、指導黨建工作、交流黨建經驗等，在頂層設計、規(guī)劃發(fā)展等方面提供強有力的支持。教育主管部門應完善黨建工作考評體系，完善獎懲機制，對黨建工作開展有力的學校、黨組織給予表彰和獎勵。